La Copa Presidente 1999-2000 fue la primera edición del torneo Copa Presidente.
Sus resultados son poco conocidos, ya que solo se tienen registros de las semifinales y la final.
Los nueve ganadores de grupo y los tres mejores segundos clasificados de la fase de grupos se clasifican para la fase final.
Los tres ganadores de grupo y el mejor segundo clasificado de la fase de grupos de cuartos de final se clasifican para la semifinal.
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