La Copa Fraternidad 1979 fue la novena edición de la Copa Fraternidad Centroamericana, torneo fútbol a nivel de clubes de Centroamérica avalado por la Concacaf y que contó con la participación de 12 equipos de la región, con la inclusión por primera vez de equipos de Honduras.
El Aurora FC de Guatemala venció al Real España de Honduras para ganar el título por primera vez, mientras que el Deportivo Saprissa de Costa Rica, campeón de la edición anterior, no participó del torneo así como los demás equipos de Costa Rica.
En cursiva los equipos debutantes en el torneo.
1- El partido fue abandonado en el segundo tiempo extra por Municipal, por lo que se acreditó en resultado 2-0 a favor del Aurora.
Aurora F.C.