La Copa Aerosur de 2003 fue la 1ª versión del torneo amistoso de carácter anual que organizaba esta línea aérea boliviana.
Bolívar rechazó la invitación a jugar.
Dentro de cada grupo se juega todos contra todos, un equipo descansa por fecha, para un total de 6 fechas.
Los dos mejores equipos de cada grupo clasifican a las semifinales.
Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; G=Partidos ganados; E=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra Resultados del Grupo B Libre: San José Libre: Oriente Petrolero Libre: Wilstermann Libre: San José Libre: Oriente Petrolero Libre: Wilstermann (*) Partido aplazado debido a los conflictos sociales, como el partido sólo era por cumplir se decidió no jugarlo.