Hubo que vaciarlo con la Desamortización de Mendizábal y a partir del siglo XIX pasa a ser Intendencia Militar.
El edificio tuvo un papel primordial durante los Sitios de Zaragoza.
Al encontrarse en primera línea, se empleó de baluarte y se situaron baterías en su perímetro.
La lucha continuó en el interior del convento y de la iglesia, defendiéndose cada capilla y cada dependencia con un enorme coste de vidas humanas.
Del edificio barroco sólo se conserva la fachada de la iglesia y una pared del convento, que han sido restauradas y forman dos lados de la plaza de San Agustín.