La Zona Franca de Santander, desde el punto de vista histórico, surge como evolución natural del antiguo Depósito Franco de Santander adaptándose a los nuevos tiempos y a los mercados emergentes.
Era parte del territorio aduanero comunitario separado del mismo, en el que se podían introducir toda clase de mercancías, cualquiera que fuese la cantidad, naturaleza, origen, procedencia o destino, sin perjuicio, eso si, de las prohibiciones o restricciones que podían establecerse por razones de orden público, moralidad y segirdad pública, protección de la salud, etc. Dichas mercancías podían permanecer popr tiempo ilimitado hasta que el operador quisiera darle otro destino aduanero (régimen aduanero, reexportación, abandono, etc..), no estando sometidas durante su estancia a derechos de importación, gravamenes interiores o medidas de política comercial.
Los órganos de gobierno del Consorcio son 2: el Pleno y el Comité Ejecutivo.
La presidencia del plenario corresponde al Presidente de la Cámara de Comercio de Cantabria, mientras que el órgano ejecutivo del Consorcio es presidido por el Delegado Especial del Estado elegido por el Gobierno de España.
El actual delegado especial del Estado, que actúa como presidente del Comité Ejecutivo es, desde el 2020, Francisco Fernández Mañanes.