[3]​ Tras los violentos altercados, el Partido al-Nour retiró su apoyo a la coalición gobernante y se opuso al nuevo gobierno.

Sin embargo, la Hermandad aseguró que la policía usó balas reales y abrió fuego contra los manifestantes.

[11]​ La controvertida actuación de la policía, probablemente desmesurada, motivó al vicepresidente Mohamed el-Baradei a anunciar su dimisión; por su parte el presidente interino, Adli Mansur, declaró el Estado de Emergencia.

Ante esta situación, varios seguidores de la Hermandad Musulmana respondieron atacando e incendiando centros cristianos (iglesias, monasterios, escuelas...) ortodoxos, católicos y protestantes en al menos nueve provincias de Egipto.

[24]​ Los miembros del nuevo gobierno egipcio tomaron posesión de sus cargos el martes 16 de julio[25]​ El nuevo gobierno estaba formado por liberales y tecnócratas y no incluía a ningún islamista.

[26]​ El puesto de vicepresidente originalmente lo ostentó Mohamed el-Baradei hasta su dimisión.

Los manifestantes armados se enfrentarían a al menos siete años de cárcel y multas de al menos 100.000 libras egipcias y penas menores para las demás infracciones.

[30]​ Sin embargo, no fue hasta mediados de agosto cuando se llevaron a cabo las principales detenciones, las cuales "descabezaron" a la Hermandad Musulmana: Mohamed Badía (líder de la Hermandad), Jairat el-Shater (excandidato presidencial de la Hermandad), Rashad al-Bayumi (viceguía de la Hermandad),[31]​ Mohamed el-Beltagy (secretario del Partido),[32]​ Mohamed Mahdi Akef (antiguo guía espiritual del grupo), Saad Katatny (líder parlamentario),[33]​ Safwat Hegazy (importante clérigo suní)[34]​ y los portavoces Gehad El-Haddad,[35]​ Ahmed Aref y Murad Ali.

[41]​ Ese mismo día fue arrestado el ex primer ministro Hesham Qandil.

[42]​ Sólo algunos cargos de la Hermandad quedaron en libertad, tales como Mahmoud Ezzat[33]​ o Mohammed Ali Beshr.

Según el análisis que hizo del proyecto la profesora de la Universidad Autónoma de Madrid, Luz Gómez García, en el mismo, entre otras cosas, se mantenían los poderes que el ejército ya tenía en la época de Hosni Mubarak —lo que hizo que éste alabara el proyecto— e impedía participar en la política egipcia a los Hermanos Musulmanes, declarados a finales de 2013 como "organización terrorista".