Otras teorías según manejan que el Conflicto que vivió Oaxaca en el año 2006 se inició dos años antes, una vez que rindió protesta como Gobernador Ulises Ernesto Ruíz Ortíz, después de una elección muy cuestionada y con actos de violencia como el asesinato del Profesor Serafín en la región de la Cañada.
Aunado a esto se optó por una campaña de represión hacia las organizaciones sociales cuando realizaban protestas y otra campaña dio perseguimiento a líderes sociales de dichas organizaciones.
Se crea una comisión tras un acuerdo surgido en una mesa de diálogo entre autoridades federales y locales con el CNTE en Oaxaca.
Ante los problemas se intentó negociar con los maestros en una comisión de negociación formada por el pintor Francisco Toledo, el obispo de Tehuantepec Arturo Lona Reyes y el sacerdote Francisco Mayrén Peláez.
Según este grupo, la mala gestión del gobierno y su falta de tacto político, el descontento entre la población aumentó y al movimiento magisterial se sumaron diversas organizaciones sociales, políticas y populares que en conjunto formaron la APPO (Asamblea Popular de los Pueblos de Oaxaca) cuyo objetivo primordial fue la destitución del gobernador Ulises Ruiz Ortiz.
La APPO ha encabezado marchas, ha tomado varias oficinas de gobierno, vehículos oficiales propiedad del gobierno del estado, estaciones de radio estatales y privadas e incluso ha tomado temporalmente carreteras.
La APPO, denunció una nueva incursión del Ejército en la Sierra Norte de Oaxaca.
Desde Radio Universidad se hicieron llamados al pueblo para que mantenga la lucha "con una actitud combativa, porque no debemos dar ni un paso atrás en esta jornada de defensa del pueblo de Oaxaca".
Lo anterior, generó roces con los pocos ciudadanos que se dirigían a sus hogares.
En el recurso presentado Ulises Ruiz Ortiz se deslindó del conflicto que se vive en Oaxaca y culpó al gobierno del presidente Vicente Fox quesada, "por razones de carácter político", dejó de atender "un conflicto social al que dio origen", y señaló actos "omisos", contrarios a la Constitución, que ponen en peligro a la propia "federación mexicana".
Se inició la segunda fase del operativo con el patrullaje federal por toda la capital y el estado de Oaxaca.
[8] El subcomandante Marcos, vocero del EZLN, encabezó el cierre por 30 minutos del puente internacional que une a Ciudad Juárez, Chihuahua, con El Paso, Texas, en apoyo al movimiento popular de Oaxaca.
El contingente de aproximadamente 300 personas, porta pancartas en las que exigen la salida del gobernador Ulises Ruiz Ortiz y gritan diversas consignas.
[12] Este día, la Unesco condenó la muerte del camarógrafo William Bradley Roland, en voz del director Koichiro Matsuura, manifestó: "Los responsables deben ser puestos ante la justicia con el objetivo de que este tipo de tragedias no se vuelvan a repetir".
Asumieron la responsabilidad de las explosiones la Coordinación Revolucionaria, que aglutina cinco grupos guerrilleros.
[20] Así mismo mencionan que Los principales responsables de la violencia social y política en nuestro país son los señores del poder.
Desde la versión estatal, se trató de vincular al grupo guerrillero Ejército Popular Revolucionario con la APPO.