En 1585 Sir John Perrot visitó la zona y se reunión con los caudillos locales (tains).
El condado se subdividió en las cinco baronías que aún existen en la actualidad: Farney, Cremorne, Dartrey, Monaghan y Truagh, que quedó bajo el control de los McKenna.
Tras la derrota de la rebelión de Hugh O'Neill y los caudillos del Úlster en 1603, el condado no recibió la población protestante que llegó a los otros condados del Úlster.
Tras su derrota siguió la llegada de familias escocesas e inglesas para poblar el condado.
Annayalla (Annyalla) 228 Ballybay 1,241 Bellanode 470 Cabragh (Threemilehouse) 156 Carrickmacross 5,032 Castleblayney 3,607 Clones 1,680 Clontibret 172 Doohamlat (Doohamlet) 257 Emyvale 701 Glasslough 453 Inniskeen 273 Monaghan 7,678 Newbliss 327 Oram 186 Rockcorry 316 Scotshouse 220 Scotstown 361 Smithborough 395