Sin embargo, necesitamos distinguir las bacterias que han incluido el plásmido unido covalentemente al inserto.
Los vectores plasmídicos de la serie pUC tienen otro marcador seleccionable, el segmento lacZ' del gen LacZ que codifica el péptido α de la β-galactosidasa, cuyo monómero es inactivo pero que funciona en tetrámeros.
Esta enzima degrada la lactosa, sin embargo, podemos utilizar otro sustrato llamado X-gal que al degradarse (oxidarse) rinde un producto azul.
Un péptido α, al unirse a un péptido ω forma, como ya hemos dicho, una estructura similar al monómero silvestre de la β-galactosidasa y al unirse cuatro de estos grupos encontraríamos una enzima (octómero) capaz de degradar el X-gal (5-Bromo-4-cloro-3-indolil-β-D-galactósido) y rendir un producto azul (5,5'-Dibromo-4,4'-dicloroindigo) por lo que se puede observar que han introducido el plásmido.
De esta forma no se podrá unir al péptido ω y no habrá β-galactosidasa funcional, obteniéndose así colonias de E. coli blancas, que serán las interesantes para nuestro estudio, ya que contienen el inserto.