Sin embargo, su principal enfoque fue al sur del río Zambezi, en Mashonalandia y las zonas costeras al este del mismo, desde las cuales creía que los portugueses podían ser expulsados a la fuerza o ser comprados, y en Transvaal, la cual el esperaba que regresara bajo control británico.

Inicialmente lo hizo por un periodo de 25 años, luego extendida por diez más, expirando así en 1924.

Estos dos grupos originalmente habían sido competidores pero se unieron debido a que tenían intereses económicos comunes.

Rhodes y sus socios aseguraron una concesión del rey ndebele, Lobengula, la cual fue transferida a la Asociación Central de Búsqueda, Central Search Association en inglés, (renombrada más tarde como la Compañía de Concesión Unida, en inglés United Concession Company) y la Compañía Exploradora recibió aproximadamente un cuarto las acciones en ella.

Albert Grey tuvo un rol activo como el enlace entre Rhodes en Sudáfrica y los funcionarios gubernamentales en Londres.

Él y Horace Farguhar, un importante banquero londinense, completaban la primera junta directiva.

[6]​ Sir Henry Loch, el Alto Comisionado para África del Sur, había planeado el derrocamiento del gobierno de Transvaal desde 1893 en caso de que los súbditos británicos en Johannesburgo a los que se les habían negado derechos civiles y políticos se rebelasen, y el Secretario Colonial, Frederick Robinson no hizo nada para interponerse a esto.

Grey comunicó por lo menos parte del plan a Joseph Chamberlain, quien evitó apoyarlo en forma específica.

Dado que Rhodes se había vuelto a hacer del control total de la compañía, Cawston decidió renunciar.

Lord Gifford, sin embargo, se mantuvo en la junta, la cual fue dominada por Rhodes hasta su muerte.

La BSAC no quería quedarse con la responsabilidad de administrar Rodesia Septentrional una vez que el sur obtuviese gobierno responsable, pero sí quería preservar sus intereses comerciales allí, en particular sus derechos mineros y de tierras.

Con este fin, tenía que negociar un acuerdo con el gobierno británico para ambas partes de Rodesia.

Sin embargo, la BSAC informó al Ministerio de Colonias que los lozi habían aceptado la protección británica.

Acordó en 1896 que un funcionario de la BSAC sería designado Comisionado Residente para segurar esta concesión.

Coryndon, un exsecretario de Cecil Rhodes y miembro de la Columna Pionera, había sido propuesto por la BSAC, y su designación fue aprobada por el Alto Comisionado para Sudáfrica como el representante del gobierno británico.

En su capacidad como Residente, Coryndon declaró a Barotselandia como protectorado británico, resolviendo así su anómala posición anterior.

Aunque Portugal había reclamado soberanía sobre Angoche y varios pueblos musulmanes pequeños sobre la costa, estos eran prácticamente independientes.

Esto normalmente implicaba realizar tratados con gobernantes locales, estableciendo una administración y el ejercicio de poderes policiales.

[36]​ Para adelantarse a los planes británicos en partes de Mozambique y el interior que O'Neill decía que Portugal no había ocupado, Joaquim Carlos Paiva de Andrada fue comisionado en 1884 para establecer una ocupación efectiva, y estuvo activo en cuatro áreas.

Aunque Andrada no estableció una administración en forma inmediata, en 1889 se estableció un puesto fronterizo portugués más allá del los ríos Zambezi y Kafue y se creó el distrito administrativo de Zumbo.

[40]​ La fase final en la adquisición de territorios era el realizar firmar tratados bilaterales con otras potencias europeas.

También fijo las fronteras entre Rodesia del Noroeste (hoy Zambia), que era administrado por la BSAC, y la Angola Portuguesa.

En un principio, el gobierno británico rehusó reconocer a Colquhoun y puso a cargo del nuevo protectorado al gobernador de Bechuanalandia en forma inmediata, con el Alto Comisionado para Sudáfrica supervisando la región.

El administrador, como Magistrado en Jefe, designó asistentes a los que se les ordenó mantener el orden en varias partes de Mashonalandia, y a partir de estos se desarrolló una administración distrital.

Su posición fue regularizada en 1894, cuando el gobierno británico asignó a la Compañía Británica de Sudáfrica la administración de lo que estaba comenzando a conocerse como Rodesia, la cual en ese entonces estaba divivida en secciones norte y sur.

En Rodesia del Noreste, Abercorn y Fife eran puestos fronterizos fortificados y el administrador de Rodesia del Noreste residía en Blantyre en el Protecorado de la África Central Británica hasta que Fort Jameson fue fundado en 1899 como su centro administrativo.

La motiviación de Rhodes era tanto capitalista como visionaria, y cuando se encontró muy poco oro en Mashonalandia, aceptó que incluso el plan para llegar al Lago Tanganika no tenía ninguna justificación económica.

La mayoría de los primeros ferrocarriles en África fueron construidos por el gobierno británico y no por compañías privilegiadas.

Para ese entonces Rodesia Merdidional ya tenía una salida por tren al puerto mozambiqueño de Beira.

Esta fue completada por la Beira Railway Company, una compañía subsidiaria de la BSAC, como un tren vía angosta que llegaba hasta Umtali en 1898.