En el artículo 3 se establecieron cuáles son las graves violaciones a los derechos humanos que debió investigar la comisión “(a) desapariciones forzadas, (b) ejecuciones extrajudiciales; (c) torturas y otras lesiones graves; (d) exilio y (e) otras graves violaciones de Derechos Humanos.
Los comisionados fueron: Monseñor Mario Melanio Medina Presidente de la comisión, Juan Manuel Benítez Florentín, Yudith Rolón Jacquet, Miguel Ángel Aquino Britos, Heriberto Matías Alegre Ortiz, Carlos Luís Casabianca Rodríguez, Carlos Portillo Esquivel, Mario Sandoval y Víctor Jacinto Flecha.
Trabajaron como comisionados en una primera etapa de trabajo: Leila Rachid Lichi, Margarita Durán Estragó, Jorge Domingo Rolón Luna, Juan Enrique Díaz Bordenave y Ausberto Valentín Rodríguez Jara.
Las audiencias internacionales se desarrollaron en las ciudades argentinas de Buenos Aires y Posadas, para escuchar a los paraguayos exiliados en ese país.
b) Violencia sin secuela de muerte: tortura, prisión política, c) Exilio internacional, d) violaciones generalizadas”.