La Comisión tenía el mandato de "Elaborar un informe que contenga los resultados de las investigaciones realizadas y ofrezca elementos objetivos de juicio sobre lo acontecido durante este período abarcando a todos los factores, internos y externos.
Los acuerdos de Paz fijaron tres finalidades para la CEH: Los Acuerdos de Paz encomendaron a la CEH recibir antecedentes e información que proporcionen las personas o instituciones que se consideren afectadas; aclarar plenamente y en detalle las situaciones que se le presenten.
[6][7][8] Los trabajos, recomendaciones e informe de la Comisión no individualizaron responsabilidades, ni tuvieron efectos o propósitos judiciales.
[17] La comisión estuvo conformado por Christian Tomuschat -un abogado en derecho internacional de origen alemán, y los guatemaltecos Alfredo Balsells Tojo -jurista- y Otilia Lux de Cotí - experta en asuntos indígenas.
Los Acuerdos de Paz no hacen referencia al resarcimiento y asistencia a las víctimas.