Fue creada en 1840, bajo el nombre de Comisión Educación y Beneficencia, siendo presidida en primera instancia por el diputado conservador, José de la Barra López.
En 1873 su nombre varió a Comisión de Justicia e Instrucción, la cual se separó en 1925, cuando Justicia se adhirió a la Comisión de Constitución y Legislación y los temas educacionales quedaron en manos de la Comisión de Educación Pública, nombre que mantuvo hasta la caída del régimen democrático (1973).
Con el retorno a la democracia (1990), pasó a llamarse Comisión Permanente de Educación, Deportes y Recreación.
La convocatoria a sesión debe ser realizada por los respectivos presidentes de las Comisiones.
En el LVI periodo legislativo del Congreso Nacional de Chile (2022-2026) la comisión está presidida por Juan Santana Castillo (PS) para el período 2022-2023 e integrada por otros 12 diputados: