La institución, dirigida y administrada por un Consejo Directivo y un Director Ejecutivo, elegido por Alta Dirección Pública, desarrolla actividades en materia de investigación de diversas áreas, como salud, industria, minería, agricultura y alimentación, donde la energía nuclear es utilizada con fines pacíficos.

La CCHEN cuenta con una Sede Central, ubicada en el Centro de Estudios Nucleares (CEN) La Reina (Av.

Bilbao 12.501, Las Condes), además del Centro de Estudios Nucleares Lo Aguirre y la Sede Amunátegui.

Sobre los Centros de Estudios Nucleares: El área de investigación y desarrollo en el ámbito científico-tecnológico nuclear permite a la Comisión generar conocimiento, aplicaciones y nuevas capacidades, a fin de mantener las potencialidades actuales y generar nuevos beneficios a la sociedad.

En suma, esta área es el motor mediante el cual la Comisión crea valor útil en diferentes formas, robustece su labor, consolida sus habilidades y permite que su desempeño genere un impacto creciente en la sociedad, objetivo último de su quehacer.