El Comando Militar del Sur (en portugués Comando Militar do Sul, CMS) es un comando regional del Ejército Brasileño con sede en Porto Alegre.
En 1953 se creó el Comando de la Zona Sur con sede en Porto Alegre y una jurisdicción geográfica que comprendía los estados de Paraná, Río Grande del Sur y Santa Catarina.
Bajo su mando se pusieron las 3.ª y 5.ª Regiones Militares.
La Zona Sur quedó disuelta; y con sede en Porto Alegre se creó el III Ejército.
Uno de estos fue el Comando Militar del Sur.