Su primer rector - fundador y profesor de inglés fue el Padre Enrique Figee, sacerdote holandés que había llegado a Chile el año 1949.
En el terreno adquirido para construir el colegio, existía una modesta casa de adobe, a cuyo lado se levantaron dos salas de madera que acogieron a los tres primeros cursos del San Juan: primero básico en una sala y segundo y tercero básico, juntos en otra, con un total de 39 alumnos.
Detrás de la casita donde funcionaban los cursos había una quinta de naranjos (segundo patio actual) y en el terreno que hoy ocupa el gimnasio un gran potrero con sauces y una acequia.
En reemplazo del Padre Enrique, llega a San Juan el Padre Arnoldo van der Meer, quien es Rector hasta 1972, cuando asume el cargo de Director Pastoral hasta el año 1982.
Con gran espíritu creativo y renovador marca profundamente el desarrollo del Colegio, imprimiéndole la línea que San Juan tiene hasta hoy.