Está gestionado por un patronato presidido por la antigua directora del colegio, María Luisa Muñoz de la Cruz.
El colegio se marca como objetivos "la formación integral de sus miembros", basada en la libertad, igualdad y pluralismo político.
Asimismo, realiza tertulias literarias, conferencias, periódico y cuenta con un grupo de teatro, Tilmun, junto al Colegio Mayor Universitario Fundación SEPI.
Desde 2018 el Colegio lleva a cabo un proyecto solidario en el Valle de Tessaout (Marruecos) en colaboración con la ONG Fundación Acción Geoda.
El edificio actual del Colegio Isabel de España fue construido en los años 1966/1968, según proyecto de Luis Miquel Suárez-Inclán y Antonio Viloria, arquitectos todavía en activo, autores también del cercano Colegio Mayor San Juan Evangelista.