Los CJC gestionan además la Escuela online Trifón Medrano, un espacio digital para que los jóvenes puedan acceder las bases teóricas de su política.

En dicha web se encuentra el Cuadernillo del Nuevo Militante, documento introductorio que utilizan como presentación de su proyecto político entre la juventud.

En lo interno de los CJC comenzó a conformarse una fracción frente al PCPE.

Mediante la reivindicación de la independencia orgánica respecto al partido, un amplio sector buscó romper con el proyecto estratégico del PCPE y justificar la integración en Izquierda Unida y en el PCE.

En 2005 tuvo lugar el VI Congreso, los días 22, 23 y 24 de julio en Madrid, bajo el lema «Pensar, vivir y construir revolución», en el que Emma Esplá resultó elegida como secretaria general.

En este periodo se relanzaron las relaciones internacionales y el trabajo en la Federación Mundial de la Juventud Democrática.

Los días 5, 6 y 7 de diciembre de 2009 tuvo lugar el VII Congreso, bajo el lema «La juventud a la ofensiva, construyendo revolución», en el que salió elegido como nuevo secretario general Juan Nogueira.

El crecimiento de esta época de los CJC está marcado, especialmente, por la influencia en el movimiento estudiantil: se llevó a la práctica la apuesta por construir una organización sindical a nivel estatal y romper con la atomización y desorganización del movimiento estudiantil.

Preparar la revolución», del que salió elegida como secretaria general Marina Gómez.

Esta conferencia, recopilando lo aprendido, actualizó y profundizó el modelo de sindicato estudiantil estatal por el que se apostaba y se clarificó cuál era el papel que los CJC debían jugar en el desarrollo del mismo.

Los años precedentes al IX Congreso habían permitido a los CJC y a buena parte del Partido obtener importantes lecciones político-ideológicas “para colocar al proyecto comunista de nuevo en el camino de ser un actor político determinante entre la clase obrera”.

La mayoría de los CJC y una parte importante del PCPE veían en este sector una constante obstrucción e incumplimiento político donde se escondían concepciones oportunistas y liquidadoras, la voluntad de devolver al Partido a una política frente izquierdista y marginal, concepciones revisionistas en el análisis del imperialismo, eclecticismo ideológico, comprensión eurocomunista del funcionamiento del Partido" y un largo etcétera de posiciones que fueron creciendo y atrincherándose en el Buró Político del PCPE tras su X Congreso, celebrado en junio de 2016.

[11]​ Desde esa fracción instalada en la dirección se comenzó a aplicar una política contra los CJC, lo que provocó una ruptura de relaciones entre CJC y la dirección del PCPE en abril de 2017.

En aquel X Congreso de los CJC, celebrado los días 1, 2 y 3 de marzo bajo el lema «Una organización para que suene en presente la palabra revolución», se eligió a Javier Martín como secretario general.

El X Congreso desarrolló importantes cuestiones en torno a la acción política de los comunistas y la bolchevización del funcionamiento interno, la estructuración de la organización desde el centro político.

Plantean que la preparación multifacética de la clase obrera para la conquista del poder político es una tarea inmediata.

Las fuerzas motrices de la revolución socialista se completan con los sectores populares oprimidos objetivamente enfrentados al capitalismo monopolista.

Con base en lo anterior, su acción política se orienta hacia la construcción de la unidad de la clase obrera en España en alianza con estos sectores para alterar la correlación de fuerzas y oponer al poder del capital, en condiciones revolucionarias, un frente obrero y popular bajo dirección comunista.

Por eso trabajan al mismo tiempo por organizar y unificar políticamente a la clase obrera en España y organizar un nuevo centro revolucionario internacional, una nueva Internacional Comunista.

Con ello se recogía el legado del histórico periódico de las JSU Juventud.

Su primer número, el Nº0, se dedicó al centenario y a la necesaria ruptura con la socialdemocracia.

Su segundo número, el Nº1, se publicó en 2022 y estuvo dedicado a las formas contemporáneas de explotación.