Posiblemente, el inconveniente más grave de este código es su baja densidad de información pues se requiere más espacio para codificar datos en Code 39 que, por ejemplo, en Code 128.
Esto significa que resulta dificultoso etiquetar objetos demasiado pequeños con este código.
[cita requerida] Code 39 (o Code 3 of 9) es el código de barras que se utiliza de manera más habitual en aplicaciones personalizadas.
Code 39 es un código de barras con una anchura variable y puede admitir cualquier número de caracteres que pueda leer el lector.
En la simbología Code 39 se descodifica cada carácter de modo independiente y, por lo tanto, es propensa a ocasionar errores por sustitución (cambiar B por 7, por ejemplo) si la impresión de los códigos no es adecuada.