Lleva su nombre en honor al club argentino Boca Juniors.
En los años 70 el club logró el tricampeonato distrital (1973, 1974, 1975) con lo que su hinchada crecería convirtiéndose en uno de los cuadros más populares de Huarmey.
Posteriormente el club andaría transitando entre la Primera y Segunda División del distrito durante las dos décadas siguientes.
En el 2008 logra el subcampeonato distrital clasificando a la Etapa Provincial de la Copa Perú en la que finalmente quedaría eliminado.
Actualmente no participa de ningún torneo tras abandonar la liga distrital 2010.