El equipo filial del Polideportivo Ejido fue fundado en 1969, siendo presidente Salvador Callejón.

En 2006 consiguió por primera vez el ascenso a la Tercera División de España y al final de la misma llegó a clasificarse para la promoción de ascenso a la Segunda División B de España, aunque no logró el ascenso.

La siguiente temporada, la 2007-08, el Polideportivo Ejido B finalizó en 5ª posición.

El Polideportivo Ejido B juega sus partidos como local en el Municipal de Santo Domingo.

Las dimensiones del terreno de juego son 105x68 m.