El Club fue fundado en el campus de la Universidad Privada Antenor Orrego (UPAO) en el año 1995, el equipo fue inscrito en la tercera división de fútbol de Trujillo donde ocupó el tercer lugar.

Posteriormente en el 2001 se coronó campeón del certamen antes mencionado.

Para el año 2002 Deportivo Universitario UPAO, luego de cumplir una acertada participación en el Campeonato de segunda división obtuvo el tercer puesto y al año siguiente tras desempeñar una brillante campaña sin conocer derrota alguna alcanzó el título de segunda división ingresando a la primera división de Trujillo donde se encuentra desarrollando una campaña aceptable.

En la campaña 2019, el club Deportivo Universitario Universidad Privada Antenor Orrego alcanzó el quinto puesto de primera división distrital.

Para el presente año (2022), el Deportivo Universitario Universidad Privada Antenor Orrego logró posicionarse en el cuarto puesto del campeonato.