Fue fundado en 2000 y actualmente está en la Primera División de LINAFA, la tercera división de Costa Rica.

Para la temporada 2021-2022 se corona campeón del clausura 2022 al derrotar a Quepos Cambute FC en el global 1-0 y obligar a una gran final para disputar el ascenso a la Segunda División de Costa Rica.

[1]​[2]​ En la ida de la gran final contra Quepos Cambute FC, ambos equipos reciben una anotación de cada uno dejando la moneda en el aire con el marcador 1-1,[3]​ en el segundo partido del cual se define el ascenso a Segunda División de Costa Rica, en los tiempos prórroga, Quepos Cambute FC anota el gol al minuto 106 que pone el marcador 1-0, con este último gol realizado, Pavas es derrotado con el marcador global 2-1, perdiéndose la oportunidad de ascender a la Segunda División de Costa Rica.

[4]​[5]​ Para la temporada 2022-2023 se corona campeón del Apertura 2022 al derrotar a San Carlos F.C en la final con un global de 2 por 0.

En el Clausura 2023, es eliminado en la fase de cuartos de final por el conjunto del PFA Antioquia,[6]​ por lo que jugará una Gran Final precisamente ante mismo equipo por el ascenso a la Segunda División de Costa Rica.