También jugaron la Copa Nacional, donde perdieron 1-0 contra el Sony de Elá Nguema en el Estadio Manuel Enguru.
Sin embargo, sí llegaron a la final de la Copa de Su Excelencia, en la que se enfrentaron al Atlético Malabo, aunque se desconoce si perdieron o ganaron.
[8] En 2004, Mongomo se clasificó para la Liguilla nacional, pero se dice que fue eliminado tras las primeras cinco jornadas, aunque sí ganó la copa Trofeo Vino Casa tras vencer al Dragón FC 2-1.
[10] En 2010, se clasificaron a la Liguilla de primera división y finalmente la ganaron.
[12] En 2015, Deportivo Mongomo terminó tercero en la Liguilla, pero ganó la copa tras vencer 2-0 a The Panther FC en la final.
2- Deportivo Mongomo fue descalificado por llegar tarde al partido de ida y retrasar su inicio.
3- Ambas federaciones inscribieron a sus representantes para el torneo después de la fecha límite, pero ambos clubes fueron admitidos en una ronda intermedia en la que el vencedor de la serie entraría a jugar en la primera ronda en caso de que algún equipo clasificado a esa ronda abandonara el torneo; como eso no ocurrió, tanto el Deportivo Mongomo como el ASDR Fatima fueron eliminados del torneo.