Los "Halcones Rojos", ascendieron al Torneo Nacional de Ascenso por primera vez en 1998 y allí permanecieron hasta 2003.

En su primera temporada en la segunda división terminaron decimoterceros, misma posición que al año siguiente.

[5]​ El cuarto partido, el 18 del mismo mes, lo ganó Tucumán BB 88 a 85 e igualó la serie.

[7]​ En 2010 la institución ganó la Liga Cordobesa y accedió a disputar la Liga B y un año después llegó a la final de la zona norte ante Alma Juniors de Esperanza, al cual derrotó en cinco juegos.

El equipo campeón formó con José Gutiérrez, Andrés Mariani, Gustavo Acosta, Roberto Acuña, Sebastián Rossi, Pablo Bruna, Marcos Jovanovich, Jorge Toriano, Luis Martina, Martín Chavarini y Germán Rufino; mientras que el entrenador fue Daniel Beltramo.

El equipo estuvo integrado por Agustín Lozano, Mateo Silveira, Jorge Toriano, Andrés Mariani, Brandon Crawford, Juan José Giaveno, Roberto Acuña, Bruno Barovero, Marcos Jovanovich, Miguel Isola, Juan López.

Tras dieciocho partidos, ganó once y accedió al TNA 1 zona norte,[10]​ donde se definió la posición para los play-offs.

[18]​ En la temporada 2012-13 el entrenador del equipo siguió siendo Daniel Beltramo, mientras que entre los jugadores estuvieron Felipe País, Mateo Silveira, Germán Sciutto, Eduardo Vasirani, Andrés Mariani, Facundo Piñero, Marcos Jovanovich, Martín Müller, Agustín Lozano más el extranjero Devoung Lamont.

El equipo logró 12 victorias en 24 partidos y clasificó a play-offs como cuarto en la zona norte, posición que lo emparejó con Oberá Tenis Club.

En la ciudad chubutense se impuso el equipo local 86 a 82 y así San Isidro quedó eliminado de competencia.

[26]​ Para la temporada 2013-14 de la segunda división San Isidro continuó con Daniel Beltramo como entrenador del equipo, mientras que entre los jugadores estuvieron Enzo Cafferatta, Martín Ghirardi, Bruno Oprandi, Germán Sciutto, Bruno Ingratta, Lisandro Villa,[27]​ el extranjero Gastón Essengué y los juveniles Matías Bernardini (U21) y Emanuel Sayal (U23).

En primera ronda logró 4 victorias en 8 partidos, mientras que en segunda ronda alcanzó 13 partidos ganados en 18 presentaciones y terminó primero en la tabla de la zona norte, logrando así la ventaja de localía para los play-offs.

[35]​ En la temporada 2014-15 el equipo estuvo conformado por Sebastián Mignani, Rodrigo Álvarez, Federico Ferrini, Agustín Lozano, Gastón Córdoba, Fabián Elías Saad, Pablo Moya y el extranjero Dwight Mccombs.

En el quinto partido San Isidro fue superior y ganó 89 a 77, avanzando de fase.

[50]​ En primera fase disputó la división centro norte donde logró 9 victorias en 12 partidos y terminó como el mejor de la zona.

[56]​ Entre los jugadores contratados estuvieron Germán Sciutto, Andrés Landoni, Juan Kelly, Martín Müller, Sebastián Acevedo, Agustín Lozano, Mauricio Corzo, Ignacio Pérez, Gastón Fenoglio, Hans Feder Ponce, Federico Andereggen y Matías Gómez.

[70]​ Para la temporada 2017-2018 el TNA cambió de nombre y se pasó a llamarse «La Liga Argentina».

Luego, en Misiones fue OTC quien consiguió imponerse al equipo de Sebastián Torre, ganando el tercer punto por 78-77 y el cuarto por 76-70, igualando la serie en 2, para definirse en un 5.º juego en el Severo Robledo, siendo victoria para San Isidro por 77-71 y así, avanzando a semifinales de Conferencia.

En ese momento, Juan Ignacio Rodríguez Suppi se encendió y manejo los hilos del suplementario, logrando San Isidro ganar el juego 76-70 e igualando la serie en 2, para jugar el 5.º y decisivo partido en San Francisco.

Otra vez con ventaja de campo por haber sido el líder la Conferencia Norte, San Isidro recibía a Barrio Parque, el mismo rival con el que compitió toda la temporada regular para quedarse con el puesto N.º 1.

El domingo 16 de junio, otra vez en Vicente López, fue el local quien ganó para igualar al serie, lo hizo 76-58.

En dicha campaña, San Isidro se encontraba en la octava posición de la Zona Norte.

Luego llegan Tomas Ligorria, Santiago Assum (U23), Lisandro Gómez Quinteros y Juan Cruz Oberto.

Listos para comenzar la pretemporada, Santiago Ludueña decide rescindir su contrato (no estaba firmado aún) y emigrar al ascenso brasileño.

La pretemporada dio comienzo el 4 de enero de 2021 en San Isidro, pero 11 días más tarde, otra noticia que pegó muy fuerte en San Isidro y toda La Liga Argentina: Bruno Barovero decide dejar el equipo por cuestiones personales.

El debut de Alliende se produjo el 20/04/21 frente a Barrio Parque en el Severo Robledo, con victoria para San Isidro 75-73.

Pero San Isidro necesitaba fuerza en el poste bajo, por eso aposto fuerte y contrato a Anthony Laveal Johnson[79]​ quien debutó el 28/04/2021.

Sumando también la continuidad de Juan Cruz Oberto[82]​ siendo la primera ficha mayor del equipo.