El programa es capaz de transcodificar una doble capa de una película de DVD para que quepa en un DVD-R, DVD+R o DVD+R DL (Doble Capa) del disco.
Por ejemplo, los usuarios pueden editar y eliminar ciertas partes de un DVD que no quieren grabarlo, tales como el menú principal, los "bonus", sus comentarios o ciertas escenas del DVD.
Otra característica de este software es su capacidad para guardar el contenido del disco como una imagen ISO, o como un archivo individual de los archivos del DVD (es decir, en un directorio VIDEO_TS).
En consecuencia, CloneDVD puede procesar una carpeta de archivos de DVD (es decir, mediante otro medio de almacenamiento) y convertirla en una imagen ISO.
Sin embargo, no puede convertir una imagen ISO directamente en un directorio de archivos de un DVD, pero es posible hacerlo por primera montando la imagen en una unidad virtual usando un emulador de imagen de disco, como Virtual CloneDrive.