El clonado molecular por lo general utiliza secuencias de ADN de dos organismos diferentes: la especie que es la fuente del ADN que se desea clonar, y la especie que servirá de receptor vivo para el copiado del ADN recombinado.
[2] En un experimento convencional de clonado molecular, el ADN que se desea clonar se obtiene del organismo objeto del trabajo, luego se lo trata con enzimas en un tubo de ensayo para producir fragmentos más pequeños de ADN.
Posteriormente estos fragmentos son combinados con el vector génico para generar las moléculas de ADN a recombinar.
Debido a que contienen fragmentos extraños de ADN estos son microorganismos transgénicos o modificados genéticamente (OGM).
[3] Este proceso se ve favorecido por el hecho que se puede inducir a una célula de bacteria única a incorporar y copiar una única molécula de ADN recombinante.