Comúnmente, la extirpación no médica del clítoris se realiza durante la mutilación genital femenina (MGF).
[2] La clitoridectomía se suele realizar para extirpar tumores malignos o necrosis del clítoris.
[1][5] Otras razones para la cirugía son los problemas relacionados con un microfalo y quienes padecen el síndrome de Mayer-Rokitansky-Küster-Hauser.
Otros factores que afectarán a la técnica seleccionada son la edad, otras afecciones médicas existentes y la obesidad.
[3] Los cuidados postoperatorios pueden emplear el drenaje por succión para permitir que los tejidos más profundos cicatricen hacia la superficie.
[3] Las complicaciones pueden ser la aparición de linfedema, aunque no extirpar la vena safena durante la intervención ayudará a evitarlo.
[3] En una clitoridectomía para bebés intersexuales, a menudo se reduce el clítoris en lugar de extirparlo.
[8] En el siglo XVII, los anatomistas seguían divididos sobre si el clítoris era un órgano femenino normal, y algunos sostenían que sólo las personas intersexuales lo tenían y que, si era lo suficientemente grande como para ser visible, debía extirparse siempre al nacer.
[11] Ocasionalmente, en la medicina estadounidense e inglesa del siglo XIX, se practicaba la circuncisión como cura para la locura.
Se subestima la importancia y originalidad del clítoris femenino porque se considera "un órgano menos significativo, ya que los textos de anatomía comparaban el pene y el clítoris en una sola dirección".
También se sometió a una intervención quirúrgica en su propio clítoris, realizada por el cirujano vienés Dr. Halban, que consistió en cortar el ligamento suspensorio del clítoris para permitir que se asentara más cerca de la abertura vaginal.
[16] La clitoridectomía de mujeres con condiciones intersexuales es controvertida cuando se realiza durante la infancia o bajo coacción.