En el siglo XII se hicieron definitivas reformas tanto de la iglesia primitiva como del claustro.
En ambos espacios trabajaron equipos y artistas diferentes, siendo mucho más tosca la obra del claustro, hasta tal punto que los historiadores llegaron a suponer que se trataba de elementos recuperados del claustro anterior que sería seguramente más primitivo.
El claustro se halla situado junto a la nave sur de la iglesia.
Uno de los capiteles mejor tallados está en el ángulo suroeste, cuya cesta muestra grandes palmetas.
En ese mismo ángulo hay otro capitel que lleva una inscripción: Se sabe que en San Benet hay un panteón familiar de los Rocafort, muchos de cuyos miembros se llamaban Bernat.