[2]​[3]​ Santana comenzó su carrera profesional en el 2000 en Sport Recife.

[4]​ Aunque no fue un titular indiscutible, contribuyó con 23 partidos de liga.

Para la temporada 2008-09, Santana fue cedido al RCD Mallorca.

[7]​[8]​ Cléber regresó al Atlético para la temporada 2009-10, aunque no tiene mucho rodaje durante la misma, renueva su contrato hasta 2012.

[11]​ En los años posteriores, Santana representó a los clubes de la Serie B, Avaí y Criciúma y también al Chapecoense en la máxima división.