Por su margen izquierda desembocan los afluentes Baos, Ostaza y Manzanares.
En su transcurso atraviesa o queda al lado de varias poblaciones de Soria, como Villar del Río o Yanguas, y de La Rioja, como Enciso, Peroblasco, Arnedillo (en donde el río recibe aguas termales que dan lugar al Balneario de Arnedillo), Santa Eulalia Somera y Bajera, Herce, Arnedo, Quel, Autol y Calahorra.
Aguas arriba de Enciso, se empezó a construir una presa cuyas obras se hubieron de parar por la crisis económica, pero ya ha quedado concluida en 2019.
El río Cidacos, junto con el Ebro, ha sido durante mucho tiempo el eje vertebrador de la Rioja Baja y la razón del antiguo enclave de Calahorra.
Según una leyenda San Emeterio y San Celedonio fueron torturados y finalmente decapitados en un arenal del río Cidacos, en las afueras de Calahorra.