En el año 1025 en la Reja de San Millán, consta como Cekungau.[3] Al norte del desfiladero Los Pocilones y pasando por la Peña de Muela, se encuentra enclavado en un importante cruce de caminos en época medieval por lo que Cicujano fue un punto importante dentro de la división administrativa del valle de Laminoria.[4] Hacia mediados del siglo XIX, el lugar, por entonces perteneciente al ayuntamiento de Laminoria, y capital hasta 1957,[4] tenía contabilizada una población de 78 habitantes.[5] Aparece descrito en el sexto volumen del Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar de Pascual Madoz con las siguientes palabras:[5] En 2022, tenía empadronados diez habitantes.Las fiestas patronales se celebran en honor a San Juan Degollado, el 29 de Agosto.
