Es colaborador regular del director Bryan Singer, coescribió el guion de Public Access, escribió el de The Usual Suspects, coescribió y produjo Valkyrie y coescribió Jack the Giant Slayer y Al filo del mañana.

McQuarrie ganó el premio Óscar al mejor guion original por The Usual Suspects.

Su gran éxito fue The Tourist, que recaudó 278 millones de dólares.

También dirigió Misión: Imposible - Nación Secreta, su cuarta colaboración con Tom Cruise después de Valkyrie, Jack Reacher y Al filo del mañana.

[2]​ Trabajó como asistente en la Escuela Cristiana en Perth, y en una agencia de detectives.