Choi en su puesto directivo a cargo de la K-League en el Jeonbuk Hyundai Motors durante 6 años desde 2005, año que fue designado como nuevo entrenador.

Se centró en la consecución de las tácticas ofensivas y como resultado, el equipo llegó a ser mucho más agresivo y ha mejorado su capacidad goleadora.

Dirigió al Jeonbuk ganando el campeonato K-League en dos ocasiones en 2009 y 2011.

Choi repetidamente rechazó ofertas para convertirse en el entrenador de Corea del Sur la selección nacional de fútbol entrenador en jefe desde que el exentrenador Cho Kwang-Rae fue despedido.

Consigue la clasificación a la Copa Mundial de Brasil 2014 tras finalizar en la segunda ubicación.