El nombre proviene de la palabra náhuatl chimalli, que significa escudo o rodela, hua (partícula posesiva) y can (lugar), significaría "Lugar de los que poseen escudos"; la palabra Atenco, también es náhuatl; A “agua”; tentli, “labio” y co, “lugar” y significa “a la orilla del agua.
El glifo Chimalhuacán aparece en el Códice Quinatzin, simbolizando una rodela o escudo sobre un cerro teniendo como interpretación alterna el nombre Chimalltepetl= "Cerro de los escudos" ó "Sitio de los escudos"; con gran probabilidad refiriéndose al cerro "Chimalhuache", elevación montañosa que se ubica dentro del municipio y cerca de la cual se asienta el núcleo central del pueblo.
Aun cuando esta zona tuvo ocupación a partir del periodo preclásico, el palacio (tecpan, que se puede apreciar corresponde a un altépetl chichimeca de 1250 d. C. Chimalhuacán fue una ciudad importante, tributaria de Texcoco.
El Rey poeta Nezahualcóyotl en su regreso a Texcoco para ser coronado como legítimo Rey hizo un alto en el señorío de Chimalhuacán decretando aquí una amnistía para todos los pueblos que siendo sus aliados, pelearon en su contra a favor de los Tepanecas.
Entonces lo llevaron ante Maxtla (Tlatoani Tepaneca y último gobernante independiente de Azcapotzalco (1426-1428), pero tampoco se interesó.
[4] Según el investigador del Instituto Mexiquense, Maximino Quintero, en Chimalhuacán se han encontrado restos de mamut y otros animales del Pleistoceno (periodo que aproximadamente finalizó en el año 12,000 AP), utensilios Líticos hechos por el hombre, un esqueleto pre-cerámico que es el más completo y conservado de los 38 recuperados hasta 1984; según el investigador, podría ser el más antiguo de México.
El término "Pochotes" hace referencia a los arbustos de color amarillo que crecen en el lugar.