Scarborough estudió en la St Paul's School de Londres y más tarde en Gonville and Caius College de Cambridge, donde obtuvo una selectividad en artes en 1637 y un Máster of Artes 1640.

Él íntegro luego Merton College a Oxford y obtiene un doctorado en medicina en 1646.

A Oxford, resulta un amigo cercano de su profesor William Harvey.

Es igualmente el tutor de su propio que asiste Christopher Wren.

Es por otra parte un amigo del poeta Abraham Cowley, que escribe a su propósito un poema titulado Año Ode to Dr Scarborough.