Charles-Joseph se estableció en París en 1754, y fundó una editorial en 1762.
La pasión por la Encyclopédie, con la que conviviría más de 20 años, surgió cuando André Le Breton y Diderot concluyeron su actividad.
Se dedicó a reeditar la Encyclopédie en tamaño folio, le añadió dos tomos de índices preparados por Pierre Mouchon que aparecieron en 1780, publicó un suplemento de cinco volúmenes que aparecieron entre 1776 y 1777 y participó en las labores que permiten editarla en cuarto de pliego.
El proyecto le sobrevivió con su hija Thérèse-Charlotte Agasse, que publicó el último de los 166 volúmenes en 1832.
Su hijo Charles Louis Fleury Panckoucke continuó su actividad en la literatura y en el negocio de la edición.