Posteriormente se mudó a Cazenovia (Nueva York), y en 1851 se graduó de la Hamilton College, ubicada en Clinton (Nueva York).

[1]​ Allí conoció a Joseph Roswell Hawley, con quien entabló una larga amistad.

Trabajó en labores de agrimensura en Missouri; estudió derecho en la Universidad de Pensilvania; ejerció la profesión en Chicago (1856–1860); fue editor asistente (1860) y editor (1861–1867) del periódico The Hartford Press, y luego de que The Press se fusionaran en The Hartford Courant, fue coeditor junto con Hawley; en 1884 se incorporó al equipo de redacción de Harper's Magazine, dirigiendo la sección The Editor's Drawer hasta 1892, año en que asumió la dirección de The Editor's Study.

[1]​ Warner conoció a Mark Twain en 1869, cuando el escritor, aprovechando su paso por la ciudad de Hartford (Connecticut), le propuso a los editores de The Courant que lo aceptaran como nuevo accionista del periódico.

Con la publicación del libro The Innocents Abroad a mediados de ese año, Twain se convirtió en un nombre conocido a nivel nacional, y pese al traspié sufrido inicialmente con Warner, ambos iniciaron una amistad cuando Twain se trasladó a Hartford en 1871.