Nació en Pau, siendo hijo del coronel griego Constantin Denis Bourbaki, quien murió en la Guerra de Independencia en 1827.

Su suceso en la guerra en Italia solo fue superado por MacMahon, y en 1862 fue propuesto como candidato al vacante trono griego, pero declinó el proferido honor.

Su conducta en Gravelotte, sin embargo, fue cuestionable cuando los prusianos exhaustos por la lucha y las graves bajas, los franceses estaban a punto de montar un contraataque, Bourbaki se negó a comprometer las reservas de la Guardia Imperial francesa en la batalla porque la consideraba una derrota.

Disparó con una pistola sobre su cabeza, pero la bala, debido a una desviación del arma, rozó contra su cráneo y salvó su vida.

El General Cinchant cargó con Bourbaki hasta Suiza, donde se recuperó lo suficiente para volver a Francia.