Colinda con las Montañas de San Ysidro, siendo Otay Mountain el punto más alto (1,087m) y la división natural de México y Estados Unidos.
Hasta la década de 1990 era un área casi despoblada, pero a partir del año 2000 comenzó a poblarse en las faldas de este, formando colonias como El Niño, Terrazas del Valle, Altiplano, Residencial del Bosque y más recientemente Valle Imperial.
A mediados de la década del 2000 se instalaron antenas de radio y telefonía celular en su cima.
Durante la mayor parte del año, el Cerro San Isidro se puede encontrar con vegetación de chaparral propia de la región y resistente a la sequía como la jojoba, biznagas y otras cactáceas y también mantiene su propia fauna, tal como liebres, conejos, correcaminos, ratones de campo, halcones, cuervos y Serpiente de cascabel.
La cima mantiene la misma temperatura promedio que el resto de la ciudad, aunque es bañado profusamente por la brisa nocturna, y ha registrando ocasionales heladas cuando las temperaturas invernales bajan lo suficiente.