La mina era entonces propiedad conjunta del gobierno colombiano, BHP Billiton y Hanna Mining.
En 1999 se puso en marcha un proyecto de ampliación para duplicar la capacidad productiva y esta segunda línea de producción entró en funcionamiento en 200.
Los desacuerdos entre la dirección y el sindicato de trabajadores que dieron lugar a frecuentes huelgas provocaron fuertes pérdidas en 2008: 41.800 toneladas de níquel producidas, es decir, 9.000 menos que en 2007 La concesión actual se extiende hasta 2012, cuando se puede renovar por otros 30 años.
Ha habido denuncias de que las operaciones de la mina han causado contaminación por metales pesados que afecta especialmente a los residentes indígenas zenú y afrodescendientes locales.
Estas alegaciones han sido rechazadas por Cerro Matoso sobre la base de la evidencia científica y médica disponible.