La represión al movimiento popular se extendió a la universidad, pues en 1979, fue asesinado uno de los investigadores del centro, el exalcalde, Lic.
Walda Barrios quién también tuvo que emprender el camino del exilio en 1981, por la falta de garantías y continuas amenazas al centro.
Héctor Castro, el Consejo Directivo del CEUR, nombró como coordinadores en su orden a: Julio Pinto Soria (1987-1992), el Ingeniero Agrónomo César Castañeda(1992-1994), el economista Eduardo Velásquez Carrera (1994-1998).
Han sido coordinadores el historiador Dr. Óscar Peláez Almengor (1998-2002), la arquitecta Amanda Morán Mérida (2002-2006), y Dr. Eduardo Velásquez Carrera (2006-2010), que se van turnando en la coordinación hasta el presente.
Entre los investigadores que han participado en la institución se encuentran: Manuel Colom Argueta, Flavio José Quesada Saldaña, Francisco Rodas Maltez, Carlos Federico Noriega Castillo, Edmundo López, Karin Slowing Umaña, Marco Tulio Escobar Gómez, Gustavo Arriola Quan, Sergio Parrilla Barrascout, Gilberto Robledo, Rafael Piedrasanta Arandi, Walda Barrios, Huber Ernesto Palma,[2] Mario Alfonso Bravo, Enrique Gordillo entre otros.