La sección de baloncesto del Centro Natación Helios fue creada en 1934.

Se incorpora a la Primera División del baloncesto español en la temporada 1959-60, donde logra obtener la undécima posición.

Esta renuncia conllevó que la Federación le sancionase con una multa de cien mil pesetas.

En 1969 la Federación Española ratifica la sanción que había quedado en suspenso e inhabilita al Centro para la práctica del baloncesto durante diez años en cualquiera de sus categorías, sanción que sería levantada en octubre de 1970 En 1979, el primer equipo consigue ascender a la Primera División; tras dos temporadas en esta competición, el Centro Natación Helios no puede mantener el apoyo económico a su sección de baloncesto para poder jugar en la máxima categoría del baloncesto nacional.

Ante este hecho, José Luis Rubio, presidente del Club Baloncesto Helios, decide en unión de sus compañeros de junta directiva y abonados del club, separarse y fundar el Club Baloncesto Zaragoza, facultad que le venía permitida dado que la junta directiva del CN Helios había concedido la autonomía a la sección de baloncesto para constituirse en un club con estatutos propios, y llevaba varias temporadas inscrito como Club Baloncesto Helios-Skol.