Al frente del mismo se encuentra un coronel farmacéutico director.
Hay que significar que el CEMILFARDEF en el año 2016 estaba constituido por los destacamentos de Colmenar Viejo, Burgos y Córdoba, siendo estos dos últimos los que mantenían una fabricación, aunque menor, de elaborados farmacéuticos militares en tanto en cuanto se hiciera efectiva la producción en Colmenar.
Como depósito estatal estratégico también permitie atender las necesidades farmacéuticas de las Fuerzas Armadas y del conjunto de la población española si se detuviese la producción de medicamentos debido a alguna emergencia sanitaria provocada por un conflicto internacional, un desastre natural o una pandemia.
También ha incrementado la capacidad funcional y logístico-operativa del Servicio Farmacéutico de la Defensa y en él se han introducido nuevos medios tecnológicamente muy avanzados.
[1][2][3][4] El complejo ocupado por el Centro Militar de Farmacia de la Defensa cuenta con tres zonas diferenciadas: