Ha sufrido numerosas modificaciones, producto de éstas es el aspecto actual que tiene el edificio.
Antaño funcionaron tres panteones, creados por el sacerdote Alonso Gatica: uno para presbíteros, otro para comerciantes europeos y el tercero para los originarios de la provincia vascongada.
El primero consta de un frontón levantado por columnas esbeltas, el cual forma un arco ojival trilobulado.
En el segundo cuerpo están las ventanas del coro (siete en total), de forma ojival.
En el interior del templo se puede apreciar el estilo barroco, se notan las molduras y detalles que rematan las grandes columnas y bóvedas que están elaborados con lámina de oro.
La catedral resguarda un enorme órgano tubular en estilo neogótico que data del siglo XIX el cual está situado sobre la puerta principal, en una tribuna.
La catedral ostenta algunos cuadros de gran valor realizados por el pintor novohispano Miguel Cabrera (1695-1768).