La estructura inaugurada en 1827 resultó afectada por varios sismos, pero no fue hasta 1871 que monseñor Llorente y el Cabildo eclesiástico le encargaron al arquitecto José Quirce y al carpintero Manuel Conejo realizar un estudio del estado del templo.

Los expertos recomendaron en ese entonces cambiar el techo, que era de caña, barro y madera, pues estaba en mal estado.

Más tarde, en 1871, murió monseñor Llorente, y en su lugar fue nombrado el padre Domingo Rivas, quien contrató a Quirce para que hiciera los planos del templo.

Quirce renunció un año más tarde, y al mando quedó el carpintero guatemalteco, Ramón Estrada.

Un año más tarde un sismo sacudió el país y la estructura resultó afectada.