Las dos primeras modificaciones importantes se realizaron en 864 por orden del obispo Adeodato II.
Se aumentó la altura de la nave añadiendo ventanas en el muro sur y creando las arcadas que separan la nave central de las laterales y sostienen el claristorio.
La fachada tiene una arcada ciega de doce lesenas, y está precedida por un nártex que se añadió en el siglo XI al baptisterio del siglo VII del que sólo quedan restos.
Dieciocho columnas de mármol griego se rematan con capiteles corintios.
Los mosaicos del muro occidental (sobre la puerta) datan de la segunda fase.