Está dedicada a la Virgen de la Inmaculada Concepción del Buen Viaje.

Ya a principios del siglo XVII se relata que los viajeros que viajaban tierra adentro se prosternaban delante de una imagen de la Inmaculada Concepción instalada en una ermita en Morón, primera posta del Camino Real al norte, rogando por un buen viaje ante la amenaza de los peligros del indio, que acechaba la inmensa llanura.

En el año 1807 el obispo Benito Lué y Riega se refugió en la iglesia de Morón durante las Invasiones Inglesas.

En enero de 1824 celebró la misa en la iglesia el canónigo Juan María Mastai Ferretti el que sería el futuro Papa Pío IX quien formaba parte de la Misión Pontificia encabezada por el vicario apostólico Juan Muzi.

En 1823 el ministro Bernardino Rivadavia otorga 500 pesos para la restauración de la iglesia que se encontraba en estado ruinoso.

El papa Pío XII elevó al templo a Iglesia Catedral cuando creó el Obispado en 1957.