Fue la sede del Principado-Obispado de Frisinga, uno de los estados eclesiásticos del Sacro Imperio Romano Germánico hasta su disolución en 1803.

Después del gran incendio ocurrido el Domingo de Ramos (5 de abril) de 1159 que destruyó la basílica-catedral original, mandada construir por el obispo Anno a mediados del siglo IX, se inició inmediatamente la reconstrucción de la misma a partir 1159 en adelante, y fue consagrada en 1250.

La cubierta plana de estilo arquitectónico románico fue sustituida por la actual cubierta de estilo gótico entre los años 1481-1483.

Durante el primer barroco (siglo XVII), fueron retiradas las nervaduras góticas del techo y durante los trabajos de renovación realizados por el milenario de la fundación fue realizada la decoración rococó del interior (1724), una obra de los hermanos Asam: Cosmas Damian Asam y Egid Quirin Asam.

Estos frescos rococós fueron malamente restaurados en la década de los años 1920 y recuperados en la renovación general del año 2006, eliminando químicamente el color añadido y la humedad que dañaban los frescos originales.