Este hecho lleva al desarrollo de una fortificación en torno a la plataforma arcillosa y yesífera que coronaba la ciudadela original.
Durante estos años, es de suponer que la fortificación tuviese una zona noble donde habitase el alcaide, albergue para tropas, cuadras, almacenes, talleres y una iglesia.
A mediados del siglo XIV, durante la Guerra de los Dos Pedros, el Castillo sufrió importantes destrozos y reformas, debido al papel protagonista que la plaza de Borja, por su carácter fronterizo, tuvo en esta confrontación.
A partir de esta guerra y hasta el siglo XVI, el castillo continuó su vida militar, aunque cada vez más integrado en la vida cotidiana de la población, puesto que la comunidad judía vivió en torno a esta fortificación en lo que actualmente se conoce como Cinto.
El Castillo es iluminado por las noches, constituyendo un elemento que delimita la fisonomía borjana, visible a varios kilómetros de distancia.